Hugenomic Nanopolish

Huxelerate 社の Hugenomic Nanopolish は、 Nanopolish eventalign モジュールのメリットをすべて備えながら、10 倍の性能向上を実現します。また、80 万個 (約 102GB) 以上のゲノム情報を約 3 時間で読み取ることができます。FPGA に実装して高速化されているため、従来ツールと同等の精度を保ちながら、より高性能かつすばやい結果の出力が可能になります。

ベンダー: Huxelerate

更新日: 2020 年 2 月 22 日

サイズ: 320.05 MB

コンテナー バージョン: v1.0

無償で運用

ザイリンクスが提供するこの製品は無償で運用できます。


無償トライアルで下記のサンプル アプリケーションを実行できます。

このアプリケーションの価格プランを確認して購入します。


運用オプション

このアプリケーションはコンテナー化されており、クラウドまたはオンプレミス上で数分で簡単に実行できます。

クラウド サービス
AWS
  • ザイリンクス ランタイム: 2019.2
  • インスタンス タイプ: f1.2xlarge
  • AMI: FPGA Developer AMI (version 1.8.1)

設計開始

運用方法に応じた手順に従ってください。

AWS

1.

docker をインストールして設定する

    git clone https://github.com/Xilinx/Xilinx_Base_Runtime.git

sudo Xilinx_Base_Runtime/utilities/docker_install.sh

2.

アプリケーションを実行する

/opt/xilinx/cred.json フォルダーの AWS インスタンスに cred.json ファイル (ステップ 1 で取得) をアップロードします。その後、chmod 777 cred.json を実行します。

次のコマンドを実行する

    source Xilinx_Base_Runtime/utilities/xilinx_aws_docker_setup.sh

# download example dataset: on this example we already run minimap2 
# and samtools to prepare the dataset and generated a golden dataset
# sorted for comparison

wget https://huxelerate-public.s3.amazonaws.com/ecoli-nanopolish-accelize-example/ecoli_2kb_region_nanopolish_example.tar

# untar example dataset
tar xzf  ecoli_2kb_region_nanopolish_example.tar

# index the reads
sudo docker run $XILINX_AWS_DOCKER_DEVICES -v /opt/xilinx/cred.json:/usr/share/hugenomic/cred.json -v $PWD/ecoli_2kb_region_nanopolish_example:/ecoli_2kb_region_nanopolish_example hubxilinx/huxelerate_nanopolish_aws_f1 index -d /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/fast5_files/ /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads.fasta

# align the nanopore events to the reference genome
sudo docker run $XILINX_AWS_DOCKER_DEVICES -v /opt/xilinx/cred.json:/usr/share/hugenomic/cred.json -v $PWD/ecoli_2kb_region_nanopolish_example:/ecoli_2kb_region_nanopolish_example hubxilinx/huxelerate_nanopolish_aws_f1 eventalign --reads /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads.fasta --bam /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.sorted.bam --genome /ecoli_2kb_region_nanopolish_example/ref.fa --scale-events > ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.txt


Huxelerate ユーザー ガイドをご覧ください


3.

結果

    # assess the eventalign output
head ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.txt

# sort the output for comparison
sort ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.txt > ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.sorted.txt

# compare the results with the golden output
diff ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.golden.sorted.txt ./ecoli_2kb_region_nanopolish_example/reads-ref.eventalign.sorted.txt